Основной целью Института является выполнение фундаментальных научных исследований в области наук о Земле. Основными направлениями деятельности Института являются:
Помимо основной научной деятельности, Институт осуществляет предпринимательскую и иную приносящую доход деятельность, служащую достижению основных целей, предусмотренных Уставом Института.
В Институте развиваются научные школы, созданные выдающимися отечественными учеными-академиками: В.И. Вернадским, А.Е. Ферсманом, Н.В. Беловым, Ф.Ю. Левинсон-Лессингом, А.Н. Заварицким, Д.С. Белянкиным, А.Г. Бетехтиным, Д.И. Щербаковым, Д.С. Коржинским, Ф.В. Чухровым, Н.А. Шило, В.И. Коваленко, Н.П. Лаверовым, О.А. Богатиковым.
Тесное взаимодействие научных коллективов различной специализации позволяет выдвигать и разрабатывать новые актуальные научные направления, решать важнейшие прикладные задачи.
Институт получил мировое признание как лидер Российской науки в области радиогеохимии и радиогеоэкологии. Фундаментальные исследования процессов рассеяния и концентрирования естественных и техногенных радионуклидов в природной среде позволили предложить конкретные решения проблем безопасной изоляции радиоактивных отходов от экосферы, реабилитации радиационно загрязненных территорий и очистки подземных вод от радиоактивного заражения. Институт сохраняет позиции головной организации в отечественной науке по разработкам теории рудообразования, петрологии, метасоматизма и метаморфизма, генетической минералогии и кристаллохимии, рудной геохимии и геохимии мантии Земли. Активно развиваются исследования в области геоинформатики. В Институте сформирован аналитический комплекс изучения горных пород и минералов, отвечающий мировым стандартам.
На базе Института работают Межведомственный Петрографический комитет (МПК) и Научный совет РАН по проблемам рудообразования (НСПР). ИГЕМ является соучредителем двух журналов: «Геология рудных месторождений» и «Петрология».
На базе учебно-научного центра Института геологии рудных месторождений, петрографии, минералогии и геохимии РАН и Высшего колледжа рационального природопользования Российского химико-технологического университета им. Д.И. Менделеева (УНЦ ИГЕМ РАН и ВКРП РХТУ) ведётся подготовка высококвалифицированных кадров по специальности 013400 «Природопользование», основная квалификация «эколог-природопользователь». В Институте проходят стажировку студенты геологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова, МГРИ-РГГРУ, РУДН.
В Институте работают два диссертационных совета по защите докторских и кандидатских диссертаций по 6 специальностям:
По всем этим специальностям в аспирантуре Института осуществляется подготовка научных кадров высшей квалификации.
Институт имеет прочные научные контакты с научными учреждениями Российской Академии наук, ведущими учреждениями высшей школы страны, отраслевыми учреждениями Минатома, Министерства природных ресурсов и других ведомств, а также зарубежными научными организациями США, Франции, Германии, Англии, Австрии, Китая и целого ряда других стран. В проведении исследований участвуют академики: Н.С. Бортников, Н.С. Касимов, И.В. Чернышев, В.В. Ярмолюк, Л.Я. Аранович, члены-корреспонденты РАН: В.И. Величкин, А.В. Волков, К.В. Лобанов, В.А. Петров, А.В. Самсонов, Н.П. Тарасова, С.В. Юдинцев.